Nanofiltrácia má v priemysle široké využitie. Ponúka vhodnú úpravu priemyselnej procesnej vody, rovnako pitnej vody, ktorá je podmienkou pre kvalitné a zdraviu neškodné výrobky v nápojovom či potravinárskom priemysle.
Nanofiltrácia znižuje vo vode obsah síranov, fluoridov a chloridov. Vodu čiastočne zmäkčuje, redukuje jej neprirodzené zafarbenie a nečistoty. Ponúka podobné výsledky ako reverzná osmóza. Nanofiltrácia je však používaná cielene na redukovanie obsahu nežiadúcich látok vo vode, zatiaľ čo reverzná osmóza je komplexnejšia, no má vyššiu spotrebu energie ako nanofiltrácia.
